En años pasados se perdieron miles de ejemplares minerales, fósiles, animales, insectos y otras piezas de valor patrimonial, sacados de Bolivia con afanes «científicos», fue por esta razón que visionarios profesionales en distintas ramas de la ciencias se reúnen con la finalidad de promover la investigación científica nacional y el rescate del material proveniente de estas investigaciones, creando así en 1987 la Fundación para la Ciencia, entidad sin fines de lucro que se encargaría de promocionar, difundir e implementar proyectos científicos dirigidos principalmente al desarrollo de las ciencias naturales, especialmente la paleontología, la biología y a la preservación del medio ambiente.

La Fundación para la Ciencia colaboró estrechamente a la Asociación Boliviana de Paleontología en los convenios internacionales enviando a expertos bolivianos como contra-partes en los proyectos de investigación, quienes se dedicaron al control y recuperación del material científico (paleontológico-biológico), así como impulsó de proyectos de protección del ecosistema, con la Academia Nacional de Ciencias (ANCB) y la Liga de Defensa del Medio Ambiente (LIDEMA).

La Fundación para la Ciencia durante estos años logró reunir más de 16.000 piezas fósiles, de vertebrados, invertebrados y restos vegetales, entre los que se cuentan holotipos y paratipos de invalorable importancia científica, descritos por científicos de prestigio internacional. En su colección se cuenta como ejemplo con ejemplares de uno de los peces más antiguos del mundo: Sacabambaspis janvieri, con una edad mayor a 470 millones de años (Caradociana, Ordovicico inferior), esqueletos fósiles de los mamíferos fósiles de Tiupampa (Vila Vila) como Andinodelphys, Mayulestes, Pucadelphys, etc. Animales que habitaron en los valles de Cochabamba hace 63 millones de años, como también esqueletos de los gigantescos gliptodontes encontrado en las barrancas de Sacaba, uno de nuestros ejemplares se encuentra actualmente en calidad de préstamo, en el Museo Arqueológico Universitario, junto a otros miles de ejemplares procedentes de Cochabamba y del resto del país, así como de una interesante colección paleontológica del exterior. Esta campaña para recuperar el patrimonio del país no sería efectiva si no se contara con un Museo de Historia Natural en Cochabamba como repositorio de la paleontología y la biodiversidad local.

Sobre la base de estas cláusulas se firmó un convenio de cooperación mutua el 12 de septiembre de 1997, entre la Fundación para la Ciencia, la Universidad Mayor de San Simón y la Honorable Municipalidad de Cochabamba, para la implementación del Museo de Historia Natural de Cochabamba como homenaje a nuestras efemérides.

En el 2002 se impulsa la ampliación del museo en sus salas de exhibición a raíz de la gran exposición francesa conmemorando el bicentenario del nacimiento del famoso naturalista Alcide d’Orbigny (1802-1857) quien fue el pionero de las investigaciones de ciencias naturales en Bolivia.

Es así que la Fundación para la Ciencia, la Honorable Alcaldía de Cochabamba y la Universidad Mayor de San Simón inaugura las nuevas salas de exhibición del Museo de Historia Natural de Cochabamba, Con varias salas de exhibición, llevando el nombre del insigne naturalista francés «Alcide d’Orbigny». Abriendo sus puestas el 29 de enero de 2003, ubicado en la Av. Potosí nº 1458, colindante con el Palacio de Portales (Centro Simón I. Patiño).